1、菌液呈色辨识法
要区别硝化细菌与光合细菌制剂有什么不同，最简单的辨识法，是从它们的颜色去分辨。无论那一种光合细菌，通常都因为含有光合色素，如细菌叶绿素（绿色）、类胡萝卜素（橙黄色）等，而呈现一定颜色。硝化细菌则因不含任何光合色素，不会有呈色现象，因此可利用此种特征做初步的判断。
细菌本身的呈色用肉眼无从辨识，必须藉由菌液的呈色来判断，菌液可能既是细菌的担体又兼培养物。当细菌在菌液中被富集培养时，就能表现出集体的颜色，不过其前提是，菌液本身必须是透明无色者，就像水一般，如此一来，细菌本身的呈色才不会被遮盖而发生误判现象。
必须注意的是，在硝化细菌的培养液中，因可能含有酸碱指示剂的成分而有呈色现象，不过在制成商品之前，通常都会先分出硝化细之后，再分散于无色的液态担体中，所以制剂应该是无色者，否则可能略有呈色迹象。另外，有些商品可能因特殊之目的（如仿造、增加卖相），故意将菌液染色，这可能会导致此种判断方法失去准头。
2、菌液味道辨识法
光合细菌主要为厌气性种类，也有一些属于兼气性品种，它们的都可以在「有光无氧」的环境下被培养。其中又分自营性种类，及异营性种类，所以不见得所有的光合细菌都适合应用于水族缸作为净水制剂。
已知在水族缸的好气环境中，只有兼气异营性的光合细菌（如红螺菌科菌种）最适合作为净水制剂。它的培养物通常是一些有机营养液，而且培养完成之后，可以直接填充瓶封为商品。此种商品一旦开封之后，可以立即闻到一股恶臭，如果再加上显色辨识，应该很容易确认。
反观硝化细菌均为好气自营性种类，在它的菌液中，通常不能含有任何易分解的有机成分，否则不仅会立即遭致异营性细菌的污染，连瓶封环境中的有限氧气，很快就会被耗尽，使得硝化细菌因缺乏氧气而无法长久生存其中。因此，凡是硝化细菌制剂，应该是没有明显的臭味的。 |
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