因这些硝化细菌能将水中的有毒的化学物质（氨和亚硝酸）加以分解去除，故有净化水质的功能。不过需要注意：硝化细菌在水质pH中性、弱碱性的环境下发挥效果最佳，在酸性水质中发挥效果最差。
光合细菌，俗称：B菌、光合成红菌。适用于各种海水的水质处理辅助。
光合细菌是一种水中微生物，因具有光合色素，包括细菌叶绿素和类胡萝卜素等，而呈现淡粉红色，光合细菌能在厌氧和光照的条件下，利用化合物中的氢并进行不产生氧的光合作用。
光合细菌可以在某种污染环境下生存，并担负着重要的净化水质的角色。但只有在生存生存环境和污染物质符合其生理、生态特性时，才会发挥其作用，否则很难获得预期。例如在无光或者有氧环境下，光合细菌就很难发挥效果。
在水族箱中由于高密度养殖，投饵不当造成的饵料过剩堆积、水族生物的排泄物等等，往往会造成底砂床有机物堆积过多，而使底砂床受到严重的污染。经底砂床上的微生物将有机质分解，会释放出一些对水族生物有毒的物质，例如：氨、亚硝酸及硫化氢等等。当这些分解产物的浓度增加时，就会导致水族生物中毒死亡。
水族箱中若存在光合细菌，它将那些有机质或硫化氢等物质加以吸收利用，而使耗氧的异营性微生物因缺乏营养而转为弱势，因而降低发生有毒分解产物的机会，同时，底质中的水质借以得到净化，而促使养殖的水族生物的健康成长。
目前，水族市场出售的光合细菌，主要是光能异营型红螺菌科（Rhodospirilaceae），特别是其中的红假单细胞属（Rhodopseudomonas）的种类。这种光合细菌在不同的环境条件下，能以不同的代谢方式，有效地净化水质。需要注意：光合细菌在水质pH8.2-8.6的环境下发挥效果最佳，因而比较适合在海水水族箱中使用。
将一些净化水质的细菌引进水族箱，是一件简单而有效的净化水质的方法，对于目前盛行的家庭饲养观赏鱼等生物提供了极其方便的水质管理方式，颇受水族爱好者喜爱。但在使用这类产品时，也必须注意若干问题，以免降低了预期效果。
一般而言，只有在使用环境和使用对象符合细菌的生理、生态特性时，才能发挥其净水作用。否则，很难获得预期效果。为了能让这些有益的细菌细菌充分发挥净水作用，在使用上，通常必须注意下列问题：
1.水中有有机污染源
净水细菌是靠水中有机污染而存活的，如果因为水中没有污染源存在，它们就无法长期生存。因此，在新水阶段就加入细菌是否有效，是值得研讨的。
2.勿与消毒杀菌药剂同时使用
为了避免净水细菌被杀灭，切记勿与消毒杀菌药剂同时使用，如果必须使用杀菌药剂或治疗鱼病的药剂，需等药物使用至少一星期以上再进行使用净水细菌。
3.要注意调整适合细菌生长的温度
在净水细菌的使用过程中，能有效地控制在最适宜的水温条件下，当然其发挥的效果也是最理想的。例如：光合细菌在23-29℃的范围内均能正常生长繁殖，当水温低于23℃时，它们的生长逐渐停滞，因此低于23℃的水族箱使用这类细菌效果较差。
4.要注意调整适合细菌生长的pH值
在净水细菌的使用过程中，必须注意水质酸碱度pH的变化。例如：淡水硝化细菌在pH值等于中性时的效果最佳，在酸性水质中效果最差，因此若能将水族箱中的水质调整至中性或弱碱性，它的净水效果会好一些。而光合细菌在pH值8.2-8.6的水质中最具效果，所以它比较适合用于海水水族箱中的使用。
5.要注意细菌之间的共容性
若要同时放养不同的净水细菌应该注意细菌之间的共容性。例如：硝化细菌和光合细菌并不适合同时放养在同一水族箱内，因为它们净化水质的过程互有抑制作用，可能会降低其净化效果。
6.要为细菌提供足够的可居住空间
如果只让细菌生活于水族箱中可能无法满足其繁衍上的需要，这会严重限止细菌的数量使其无法增加。因此，我们应该配合生化过滤系统为细菌细菌再创造更多的可居住空间供它们繁衍，以期待它们加速降低有害物质以及加强它们分解能力。
要成功地建立有效的净水细菌的"生态系统"，必须注意净水细菌的添加方式以及添加的量。净水细菌的量多以及快速生长，可能有助于有机废物的分解，但过多的净水细菌数量竞相消耗有限的细菌营养物质，同样会导致它们的快速死亡。
净水细菌在水族箱中有一个生命周期。当它们在被加入水族箱，并不是以一定速率增长繁殖。通常在最初时菌数保持不变，这是可能因为细菌适应新环境需要一段时间。此时，细菌的代谢反应正常进行，但细胞的分裂却是静止的。这个生长期称为迟滞期（Lag pnase）。
到迟滞期结束之后，细菌的胞体以一定的速度不断分裂，其生长以及繁殖速度达到最大，并在数小时之内达到最高峰，然后细菌的数目又保持不变不再增加，这归因于环境的变化，特别是因为有些营养被消化完了。这种情况也是造成细菌死亡的原因之一，于是细菌开始死亡并数量锐减，假如确保还有一些细菌增殖的话，细菌的死亡将比新生细菌更快，一直到细菌减少到原来的数量为止。这个生命周期约几天至十几天，依水质条件来决定。净水细菌的添加时机如果能够配合其生命周期是最好不过了，即当它的数量正处于最少时再添加，不要等它繁衍到最高数量时再添加，这样一来反而会加速细菌的死亡速度。可是要真正地去了解它的生命周期是多久是极为困难的事，至少绝大多数的水族爱好者是无法观测注意到的，所以一般都是以定期添加为好。
在水草造景缸、岩礁生态缸等等水族箱中因为定期添加肥料等营养药剂，有些营养药剂诸如微量元素的种类可能与净水细菌所需的营养成份类似，只是数量组成不同而已，因此也可能提供给净水细菌用作生长、繁衍的养分。正因为如此，净水细菌在这类水族箱中的生命周期可能比一般只单独饲养鱼类的水族箱中要存活长许多。换而言之，如果单独饲养鱼类的水族箱是一星期定期补充净水细菌一次，在这类水族箱中只要两星期定期补充一次即可。
除了定期添加之之外，如果发现水质不良或者在更换、清洗过滤器后，以及进行药物治疗以后，都可以不定期补充，以确保净水细菌的生态相能成功的建立。
由于硝化菌繁殖的慢，常常被有害菌打的没有还手之力，因此我们给它找了两个帮手来抢地盘，一个是繁殖速度非常快的、好氧的酵母菌，负责抢地盘给硝化菌居住；另外一个是厌氧的乳酸菌，繁殖速度也非常快，负责消灭低氧区对硝化菌有害的菌种。这三个菌并肩子上，几乎无坚不摧，成功率非常高。大伙可以参考 。
细菌要有家才能大规模繁殖，过滤器是它们最主要的家，房子越多越好，性价比最好的房子是玻璃环和沙子。
假如养鱼的水总共有100升的话，那么你需要有10升以上的直径3毫米的沙子作滤材或至少1升的玻璃环。多点更好，虽然浪费了，但是有个储备能够应急。房子要提早建好，等待细菌们的入住。
这些喜欢氧气的细菌对氧气的消耗量是巨大的，甚至比缸里的鱼还厉害，因此，一个有效的充氧手段是不可以少的，可以用气泵、水流溅落等多种方法解决。假如有了大量住房后水仍然很混，那么是增加氧气的时候了。
只要缸里有鱼，细菌们就会有食物，增加食物就能够促进细菌们的繁殖，但是太少了细菌们吃不饱，太多了又会撑坏了，所以增加的速度很关键，这个我们后面讲。另外我们要用一块过滤棉来把大块的食物打碎以便细菌们开吃。滤绵在过滤槽前面，占据滤槽10%的空间就够了。
水流给定居的细菌们带来氧气和食物，水流大了就把细菌们的家冲走了，水流小了，带来的氧气和食物又不够。对于100升水的缸，你应该有600升/小时以上流量的泵，以及一套水循环管道，并且制造良好的水流以便把粪便和食物残渣带给细菌们。
鱼和细菌们在24-28度之间是可以很好的生长和繁殖的。如果水比较冷，一个加热棒就可以解决了。一般100升的缸有个100瓦到150瓦的加热棒就很合适了。
由于细菌们基本上住在水里，他们喜欢比较稳定的水质，一旦水质剧烈变化，它们就要搬家了。在水流经的滤槽里放置少量的活性炭或者麦饭石，大概占据滤槽的10%的空间就足够了。
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